Vượt Ngục (Phần 3) kể về việc Michael Scofield và James Whistler đã bị bắt và đưa đến nhà tù Sona, một nhà tù khắc nghiệt tại Panama. Họ phải cùng nhau lên kế hoạch để thoát khỏi đây, đồng thời phải đối mặt với các thế lực trong nhà tù và từ bên ngoài, bao gồm cả Tổ Chức Bí Ẩn. [Xem thêm]