Phim Thần Võ Thiên Tôn 3D kể về Thần Võ Thiên Tôn, người bị phản bội và chết, nhưng tái sinh vào đệ tử Tiêu Trần của Lăng Vân Môn. Với sức mạnh và trí tuệ vượt trội, Tiêu Trần, giờ đây là "Chư Thiên Tôn," xây dựng thế lực hùng mạnh, chiêu mộ các đệ tử xuất sắc và nuôi dưỡng quái thú Tiểu Hắc. Ông dẫn dắt Thiên Nguyên Vực thoát khỏi hỗn loạn, kết thúc hàng trăm năm chiến tranh, và mang lại hòa bình cho toàn thế giới. [Xem thêm]