Phim Linh Mục Nhiệt Huyết (Phần 2) kể về linh mục Kim Hae-Il, thám tử Koo Dae-Young và công tố viên Park Kyung-Sun, khi họ cùng nhau điều tra vụ án giết người liên quan đến một linh mục cấp cao. Câu chuyện không chỉ xoay quanh việc tìm ra sự thật mà còn khai thác những mâu thuẫn sâu sắc về đạo đức, tôn giáo và công lý. Sự kết hợp giữa ba nhân vật có tính cách trái ngược tạo nên những tình huống kịch tính và bất ngờ.